עץ האתרוג הוא עץ קטן בגודלו, בעל ענפים עם קוצים ארוכים וקשים. 
לענפים צעירים יש צבע הנוטה לאדום, במינים החמוצים.
הפרי בצורה ביצית מוארכת, גודלו תלוי לפי הזן.
האתרוג מתאפיין בקליפה עבה מחוספסת וריחנית ובפלחים קטנים
והציפה דקה ויבשה בהשוואה למיני הדרים אחרים.
בחודשי האביב, כשהעץ פורח הוא מתמלא אשכולות של פרחים לבנים קטנים
צבע האתרוג בשיא בשלותו נע בין צהוב לכתום